La disputa legal comenzó el 20 de abril de 2002, cuando el buque Ocean Warrior, bajo el mando del Capitán Watson, se dirigía a Costa Rica por invitación de su gobierno. Se invitó a Sea Shepherd a firmar un acuerdo de colaboración para la protección del santuario marino de fama mundial, la Isla del Coco.

El año anterior, Sea Shepherd proporcionó equipo y un barco a los Guardaparques de la Isla del Coco para arrestar y confiscar a un barco con bandera ecuatoriana, el San José, por pescar ilegalmente en el área protegida de la isla.

En 2002, el Ocean Warrior se topó con el barco costarricense Varadero 1, cuya tripulación, según descubrieron, estaba aleteando ilegalmente tiburones en aguas territoriales guatemaltecas. Después de que Varadero 1 ignoró varias solicitudes para que cesara con esta práctica, el Capitán Watson recibió autorización de las autoridades navales guatemaltecas para escoltar el barco hasta el puerto más cercano para ser arrestado.

Tras este incidente, la tripulación del Varadero 1 presentó varias acusaciones infundadas contra el Capitán Watson. Esto creó una batalla legal que ganaría gran notoriedad y atención mundial, generando una serie de críticas contra Costa Rica por la acción legal emprendida contra uno de los activistas ambientales más respetados del mundo. Todo el incidente fue filmado y presentado en la película Sharkwater por el fallecido director canadiense Rob Stewart.

A lo largo de esta disputa legal, Sea Shepherd mantuvo su compromiso con la protección de las especies marinas en la reserva marina de la Isla del Coco y en la Península de Osa, especialmente las diversas especies de tiburones que son más vulnerables a la pesca ilegal y el aleteo.

La oferta de Sea Shepherd de sofisticados sistemas de seguimiento de embarcaciones, patrulleras rápidas y equipo se vio afectada por el caso penal contra el Capitán Watson. Esto termina hoy, ya que el gobierno y las autoridades actuales han dado señales claras de apoyo e interés para avanzar en los acuerdos de cooperación con Sea Shepherd.

El capitán Watson emitió la siguiente declaración elogiando el trabajo de su equipo, su abogado Abraham Stern y el gobierno y el pueblo de Costa Rica: "Gracias a la determinación e insistencia de nuestro equipo de defensa legal, esta dificultad queda en el pasado. Quiero agradecer al pueblo de Costa Rica por su solidaridad, la ecuanimidad de su gobierno actual y, especialmente, la comprensión y el apoyo del Ministro de Medio Ambiente, Carlos Manuel Rodríguez Echandi. "Ahora es el momento de mirar hacia adelante y reanudar los esfuerzos de conservación que nuestra organización y miles de personas realizan todos los días en todo el mundo para defender el medio ambiente".