Sea Shepherd es un movimiento mundial con entidades nacionales y regionales independientes en más de 20 países. Estos grupos están unidos por una misión común a través de Sea Shepherd Global, con sede en Ámsterdam y creada en 2013, que coordina las finanzas, las comunicaciones, la logística y una flota de barcos para cooperar en campañas de conservación marina de acción directa en todo el mundo.  Sea Shepherd Global es una organización sin ánimo de lucro registrada en los Países Bajos como «Stichting Sea Shepherd Global», dirigida por el capitán Alex Cornelissen. Sea Shepherd Global opera de forma autónoma, tanto fiscal como legalmente, de la Sea Shepherd Conservation Society (SSCS) con sede en Estados Unidos.